一、新股东支付给个人股东的股权转让款是否应代扣代缴个人所得税
   例如：某企业3名原投资者于今年1月份把公司股权以130万元的价格整体出让（原投资额为100万元），并于4月份办理了营业执照变更手续。根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第八条第九项及第三十五条的规定，这种行为属于个人财产（股权）转让，而纳税人没有按规定缴纳个人所得税。
3名原股东以130万元价格整体出让原投资额100万元的股权，应按照财产转让所得计算缴纳个人所得税6万元。
根据《个人所得税代扣代缴暂行办法》规定，凡支付个人应纳税所得的企业（公司）、事业单位、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义务人。案例中3名原投资者股权转让应交的个人所得税，应该由支付财产转让所得方（公司的新股东）在支付价款时代扣代缴个人所得税，与企业没有任何关系，企业不是法定扣缴义务人，不应承担扣缴税款的法律责任。 根据《税收征收管理办法》规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款50%以上3倍以下的罚款。
2009年06月15日国税总局下发的《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号），确立了缴纳个人所得税作为的股权变更登记的必要前置程序，必须先缴纳股权转让个人所得税再办理变更税务登记。
股权转让个人所得税的计算公式=（股权转让收入－初始投资成本-转让费用）×20%=应缴纳个人所得税额。注意，财产原值是指初始投资成本，而不是股权转让时按比例享有的净资产。

二、股权转让个人所得税的税收筹划：
案例：老王、老李于2002年投资设立A企业，注册资金500万元，其中老王出资400万元，占A公司的80%的股权；老李出资100万元，占A公司20%股权。因A公司经营得当，连年保持高速增长，公司净资产已经达到2000万元，但A公司一致未进行增资。2009年，老李欲将股份转让给老刘，协商转让价格为400万元，股东老王同意转让，假设股权转让费用10万元。
一般操作：上述案例看似简单，一般的操作是：老李与老刘签订股权转让协议，老李以400万元为对价将A公司20%股权出让给老刘，老李向税务机关缴纳（400万-100万-10万）Х20%=58万元，税款缴纳后办理变更登记，老刘成为A公司股东，持股20%，A公司注册资金仍为500万元，净资产仍为2000万元。转让行为完成。

1、防止重复交税
若按照上述一般操作，老李转让股权应缴纳个人所得税（400万-100万=300万）Х20%=60万元，似乎交税王斌，但若直接这样操作将产生重复交税。我们来回顾一下案例，老王、老李投资设立公司时的投资共计500万元，而转让前公司净资产是2000万元，2000-500=1500万元，这1500万是什么呢？当然是公司多年来所产生的未分配利润，未分配利润具体落实的股东头上就是未分配的股利，按照法律规定公司分配的股利仍要缴纳个人所得税。也就是说，在股权转让时老李缴纳股权转让的个人所得税后，老刘受让股权成为新股东。 A公司将来一旦分配股利（股东会决议、解散等），老刘还应当再缴纳股利分配的个人所得税（20%），那整个税负将是120万元（60+60）。所以为避免重复交税，在老李准备转让A公司股权时，可先考虑让A公司股利分配，分配股利后A公司的净资产降至500万元，这时候老李再转让股权，则符合国税函[2009]285号的规定，转让价格等于净资产的份额，无需再补交税款。这样本次转让行为加股利分配只需交纳个人所得税60万元，比直接转让股权减少60万元。
2、先进行增资，再进行转让
同样的道理，相反的操作。根据股东目的和实际情况的不同，采取先增资、后转让